Con 53 años de edad, el ex mediocampista mexicano, José Manuel de la Torre, sería el nuevo entrenador de Gallos Blancos tras una posible salida de Rafael Puente del Río, quien dejaría al cuadro queretano sin puntos en lo que va del campeonato.José Manuel de la Torre debutó como director técnico en el 2006 con Chivas, en donde salió Campeón de Liga del Torneo Apertura 2006, posteriormente pasó a Toluca, con quien tuvo éxito al levantar dos títulos de Liga, el primero en el Apertura 2008 y el segundo para el Bicentenario 2010.En el año 2011 se puso a los servicios de la Selección Mexicana y desde el banquillo Tricolor consiguió el título de la Copa Oro 2011 al derrotar a Estados Unidos por marcador de 4-2 en una tarde para el recuerdo de la afición nacional en la cancha del Rose Bowl de Pasadena, California.Sin embargo, para el año 2013 los resultados en el combinado nacional no fueron los esperados y con la clasificación al Mundial de Brasil 2014 en peligro, el Chepo fue cesado del cargo y regresó a dirigir a la Liga MX en un segunda etapa con el Rebaño Sagrado, proceso en el que tampoco tuvo éxito.Para la Temporada 2016-2017 recibió la oportunidad de dirigir a Santos Laguna, siendo este su antecedente más reciente como estratega, de esta forma, los Gallos Blancos de Querétaro se convertirían en su cuarto equipo a dirigir en el futbol mexicano.