A lo largo de su historia, el equipo lagunero ha pasado por diversas situaciones un tanto complicadas, ya sea relacionadas a temas de porcentaje y luchas por no descender, así como asuntos extracancha un tanto escabrosos de cuestiones delicitivas y financieras que lo han puesto al margen de desaparecer como institución en la Primera División de México.Justo se cumplen 13 años de la venta del club santista por parte del Grupo Modelo al empresario argentino Carlos Ahumada Kurtz. Fue un 19 de diciembre del 2003, cuando dió a conocer por finiquitada la operación y que hacía del sudamericano el nuevo dueño de la franquicia del equipo de la Comarca.Ya en Marzo del 2004, Ahumada se pone en el "ojo del huracán" a raíz de la difusión de un vídeo en que era chantajeado y extorsionado por servidores públicos. En ese mismo mes el propietario de los Guerreros fué detenido, dejando a Santos sin dueño ante la Federación, generando así una serie de problemas judiciales que pondrían en peligro el andar de la escuadra verdiblanca en el balompié nacional.

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En el marco futbolístico, el cuadro santista mantenía una destacada participación en la mayor justa continental de América, la Copa Libertadores,  al quedar segundo lugar de su grupo. El pelotón 3 lo compartía con Cruzeiro de Brasil, Caracas de Venezuela y la Universidad de Concepción de Chile. Los Guerreros terminaron invictos en la fase de grupos con 12 unidades luego de 6 encuentros disputados, incluyendo el empate en lavisita a Belo Horizonte cuando enfrentaron al equipo brasileño que tenía en sus filas a un jugador de talla mundial como Rivaldo.Pero enmedio de esa destacada labor en el terreno de juego, existía una gran incertidumbre por parte de los futbolistas al no saber cual iba a ser el final de todo este enigma que se encontraba resolviéndose en los juzgados. Existen versiones que apuntan que el apoyo económico a los elementos más jovenes del plantel tuvo que venir por parte de los jugadores con mayor recorrido y experiencia como Jared Borgetti, al no contar con fondos financieros para poder pagar los salarios de los mismos. 

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El papel de los aficionados laguneros fue una pieza importante para ejercer presión a las autoridades, empresarios e involucrados en el tema, y así lograr su cometido de que la franquicia no fuera llevada a otra plaza del país.Se realizó una "megamarcha" el 11 de abril del 2004, previa al duelo contra los Jaguares de Chiapas, donde más de 30 mil personas que portaban en su mayoría la histórica playera con la leyenda de  “Un Guerrero Nunca Muere” acompañaron en la parte final del recorrido al camión que transportaba a los Guerreros hasta llegar a la “Casa Del Dolor Ajeno”. Cabe mencionar que fue el mismo Héctor el “Pity” Altamirano, quien formaba parte del plantel, el fuera autor de esa gran recordada frase.

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Finalmente y para fortunida de todos, el Grupo Modelo vuelve a ejercer el control de Santos Laguna al realizar nuevamente la compra de la franquicia. Otorgando un poco de estabilidad a los jugadores, cuerpo técnico, directiva y afición del cuadro santista.En el plano deportivo, Santos quedó eliminado en los Octavos de Final de la justa sudamericana ante River Plate en medio de una polémica definición de penales en el Monumental de Nuñez.